Penguasaan LDP berterusan sehingga pilihan raya umum Dewan Rendah Diet Kebangsaan pada 18 Julai 1993, di mana LDP gagal memenangi majoriti . Gabungan parti baharu dan parti pembangkang sedia ada membentuk majoriti pemerintahan dan memilih perdana menteri baru bukan LDP, Morihiro Hosokawa (pemimpin Parti Baru Jepun), pada Ogos 1993. Objektif perundangan utama kerajaannya ialah reformasi politik, yang terdiri daripada pakej sekatan pembiayaan politik baharu dan perubahan besar dalam sistem pilihan raya. Gabungan itu berjaya meluluskan undang-undang reformasi politik penting pada Januari 1994.

Pada April 1994, Perdana Menteri Hosokawa meletak jawatan. Perdana Menteri Tsutomu Hata (ketua Parti Pembaharuan Jepun) membentuk kerajaan campuran baru, kerajaan minoriti pertama Jepun dalam tempoh hampir 40 tahun. Perdana Menteri Hata meletak jawatan tidak sampai dua bulan kemudian. Perdana Menteri Tomiichi Murayama (ketua JSP) membentuk kerajaan seterusnya pada Jun 1994 dengan gabungan JSP, LDP, dan Parti Baru Sakigake yang kecil.

Perdana Menteri Murayama berkhidmat dari Jun 1994 hingga Januari 1996. Beliau digantikan oleh Perdana Menteri Ryutaro Hashimoto (presiden LDP), yang berkhidmat dari Januari 1996 hingga Julai 1998. Perdana Menteri Hashimoto mengetuai gabungan longgar tiga parti sehingga pilihan raya Dewan Tinggi Julai 1998, apabila dua parti yang lebih kecil memutuskan hubungan dengan LDP. Hashimoto meletak jawatan kerana prestasi pilihan raya yang lemah oleh LDP dalam pilihan raya Dewan Tinggi. Beliau digantikan sebagai presiden parti LDP dan perdana menteri oleh Keizō Obuchi, yang mengambil alih jawatan pada 30 Julai 1998. LDP membentuk gabungan pemerintah dengan Parti Liberal pada Januari 1999, dan Obuchi kekal sebagai perdana menteri. Gabungan LDP-Liberal berkembang untuk memasukkan Parti Komeito Baru pada Oktober 1999.